بداية حكمه والسقوط الثانى لدولة البطالمة
وفي سنة 180 ق.م أُعلن بطليموس السادس ملكًا للعرش لقب بـ فيلوماتور (أى المحب لأمه) وأشرك معه في الحكم أخته كليوبّترة الثانية وأخاه الأصغر بطليموس السابع وفي عهده هاجمت روما(حليفة مصر) مملكة مقدونيا القديمة وأنشغلت في حرب كبيرة مع جيش برسيوس ملك مملكة مقدونيا القديمة، فإستغل أنطيوخس الرابع ملك سوريا انشغال روما التي تقع مصر تحت سيطرتها واحتل مصر بالكامل واتبعها لحكمه وأخذ بطليموس السادس الصغير أسيراً، واعلن نفسه ملكا على وادى النيل.
تدخل روما وعودة بطليموس السادس
بعد أن استولى أنطيوخس الرابع على كلّ مصر وبدأت مفاوضات بينه وبين ابن أخته بطليموس السادس, ثم في عام 168 ق.م كان أنطوخيوس الرابع يعسكر بجيشه قرب الأسكندرية التي كانت عاصمة مصر في ذلك الوقت عندما وصلت إليه أنباء بأن الرومان هزموا بروسيوس في بلدة بدنا Pydna.انتهت الحرب بين روما ومقدونيا ووصل القائد جايوس بوبيليوس لايناس قادما من روما حاملاً قرار من مجلس الشيوخ في روما وذهب مباشرة إلى معسكر أنطيوخس الرابع وسلمه القرار ودار حوار سجله بوليبيوس المؤرخ الأغريقى المشهور الذي كان معاصراً لهذه الأحداث فكتب : " سلم لايناس لـ أنطيوخس قرار مجلس الشيوخ الذى يأمره بإنهاء الحرب ضد بطليموس في الحال وأن يسحب جيشه إلى سوريا في وقت محدد.. قرأ الملك أنطيوخس الرابع القرار وقال : أنه في حاجة إلى أن يستشير أصدقاء إزاء هذا التطور الجديد، وقد كان لايناس يحمل عصا مقطوعة من كرمة، رسم بها دائرة حول أنطيوخس الرابع وطلب منه أن يعطيه إجابة على القرار قبل أن يتخطى حدود الدائرة، فوجئ الملك أنطيوخس الرابع بهذا التصرف، ونظرآ لعلاقات الجيدة بين انطوخيوس وروما وبعد فترة قصيرة قال أنه " " تجنبا حرب لا لزوم لها مع روما وعقد اتفاق مع روما حول ذلك.